Pulau yang didasari oleh batuan granit dalam bentuk bongkah, dengan dua fasa granit hasil proses hidrotermal.
Pulau Hanyut didasari oleh batuan granit terutamanya dalam bentuk bongkah batuan. Batuan granit yang mempunyai dua fasa iaitu granit berbutiran sederhana dan berbutiran halus ini terhasil daripada proses hidrotermal yang bertindak setelah batuan perumah mengeras. Corak struktur ini jelas dapat dilihat bersama aplit, telerang kuarza, tompokan pegmatit serta tompokan xenolit.
